科技是第一生产力，为水规院各项业务的发展起到了强大的支撑和引领作用。
    水规院领导高度重视科技创新工作，在宋海良院长带领下，提出了“四个一”（即创新是魂的创新理念、只争朝夕谋创新的创新态度、建设创新型水规院的创新目标和落实创新兴院的创新战略）的创新指导思想；多层次、全方位，以企业为主体，坚持以集成技术、应用技术研究为主体、以基础性研究为重要补充的创新发展思路；“以市场为导向，以提升核心竞争力为出发点，产、学、研相结合”的技术创新模式。构建了符合院情的科技创新发展总体框架，建立了完善的科技管理制度体系，营造了良好的科技创新氛围。编写的《科技创新发展规划》，提出了科技创新发展指导方针和技术创新指标，确定了科技创新工作的重点任务和相应的保障措施。
    水规院科技创新工作行业代表性强，综合优势突出；承担了一批国家级、省部级科研课题，成果丰硕；编写国家和行业标准规范历史长，数量多；与国内多家著名港口企业、科研单位、大专院校进行了多项联合技术攻关；主办了全国中文核心期刊——《水运工程》；作为挂靠单位承担了土木工程学会港口分会、中国工程建设标准化协会水运专业委员会等行业学会、协会的工作；积极参与国际学术交流与合作，在国内外有较大影响。
    水规院科技管理体系健全，科技处是院科技工作的归口管理部门，负责科技管理制度建设，筹划年度科技工作计划等工作。
水规院长期注重科技创新与生产实践相结合，研究提出的多项关键技术在国家重大建设项目中得到实施应用，取得了良好的社会效益和经济效益，为我国水运工程建设技术发展做出了重要贡献。