水规院是交通系统最早进行工程总承包的试点单位，“北海港一期工程”和“福建炼油厂码头工程”总承包的成功实践，使水规院持有了第一个国家工程总承包资质，即1993年由建设部颁发的工程总承包甲级资格证书。2005年，为适应新形式下工程总承包和工程项目管理业务的发展需要，水规院工程公司成立，经过几年的运作与发展，从市场规模、生产能力、人力资源、项目管理体系的建立和运行均上了一个大台阶，业务遍及国内沿海和各内河港口，可在全国范围内承担重点水运工程及配套工程的工程总承包和工程项目管理。
    工程公司现拥有港航工程、交通土建工程、测绘工程、船舶港口电气化、工程造价、项目管理等专业技术人员近50人，其中研究生以上学历占60%，高级工程师、国际项目经理（IPMP）、注册建造师、注册土木工程师、注册造价师等共34人，已经承揽了工程总承包和工程项目管理项目18项，合同总额高达21.6亿，同时也创造了国内及水规院多个第一：第一个国内游艇码头工程EPC项目，第一个国内大型船闸工程EPC项目，第一个政府战备码头EPC项目并开辟了深圳地区交通行业EPC模式的先例；水规院第一个PMC项目，第一个真正意义的EPC项目，第一个铁路系统EPC项目，第一个交通海事系统、交通救助系统EPC项目，第一个作为牵头单位与工程局组建联合体获得的EPC项目。
    工程公司及其承担的项目先后获得中交集团和水规院多项奖励：中交股份“效能监察工作优秀项目”；深圳市交通运输委员会“关于2010年深圳市水运工程安全大检查情况的通报”表扬；2009年、2010年连续两年院“先进集体”；院“双跨越”新签合同额前三名奖；院“特殊贡献奖”；院“工程和产品类奖”；院“工程总承包及项目管理”奖
    工程总承包和工程项目管理是国际通行的项目建设实施方式，也是我国勘察设计企业进一步转换经营模式、调整经营结构，增强综合实力，不断做强做大的努力方向。工程公司将以水规院“建设‘两大三化’国际工程公司”的发展战略为指引，不断开拓进取，为客户提供专业、优质、全方位的工程咨询、管理、总承包服务。